מכינות ערבה פועלות ב-4 מוקדי פעילות מקבילים- חצבה- מחזור י"ג, פארן- מחזור ט', עין יהב- מחזור ה' וצופר- מחזור א' . כל מכינה פועלת במסגרת קבוצתית נפרדת ועוברת את מהלך השנה בצורה עצמאית.

שנת המכינה מיועדת לבוגרי ובוגרות י"ב, היא נפתחת בסוף אוגוסט ומסתיימת בסוף יוני, סה"כ כ-42-44 שבועות. השנה מורכבת מ"שבועות שגרה" ו"שבועות חוץ" (סדרות).

שבועות השגרה במכינה מורכבים מלימודים עיוניים בנושאים רבים ומגוונים, התנדבות קבועה בערבה ובדרום הארץ במשך יום בשבוע, אימוני כושר גופני, משפחות מאמצות ממושבי הערבה ופעילויות קבוצתיות. השבתות במכינה מתאפיינות באווירה מיוחדת ובזמן מנוחה ועיבוד לעמל ימי המעשה והן נערכות במכינה כל שבת שניה.

במהלך השנה ישנם שבועות רבים מחוץ למכינה. מטרת "שבועות החוץ" הן לפתח מבט רחב על החברה הישראלית ולרכוש כלים ומיומנויות שלא ניתן לרכוש בשבועות שגרה. שבועות החוץ כוללים טיולים להכרת הארץ, סדרות ניווט ושטח, סדרות חברתיות להעמקת ההיכרות עם מגזרי החברה ואתגריה ופרויקטים של תרומה לקהילה.